Les concessions du domaine public fluvial de l'Etat sont accordées par arrêté du préfet coordonnateur de bassin, dans chaque bassin défini en application de l'article L. 212-1 du code de l'environnement. Le préfet coordonnateur de bassin peut déléguer cette compétence, pour les sous-bassins ou fractions de sous-bassins, à un préfet de région ou de département. L'arrêté de concession est pris après avis : 1° De Voies navigables de France, des services civils de l'Etat, des collectivités territoriales et des groupements compétents de collectivités territoriales sur le territoire desquels se trouve le projet ainsi que des chambres de commerce et d'industrie de région et territoriales dans le ressort desquelles il est situé ; 2° Lorsque le cours d'eau ou le canal est fréquenté par la navigation ou utilisé pour le flottage ou a cessé de l'être depuis moins de deux ans, des organisations professionnelles de la batellerie. L'absence de réponse des institutions énumérées aux alinéas précédents dans le délai de trois mois à compter de leur saisine par le préfet vaut avis favorable.

En application de l'article L. 2124-14, les règles relatives à l'occupation temporaire du domaine public fluvial en vue de l'aménagement, de l'organisation et de la gestion de zones de mouillages et d'équipements légers sont fixées par les dispositions des articles R. 2124-39 à R. 2124-55. Pour l'application de ces dispositions au domaine public fluvial de l'Etat, les fonctions imparties au préfet maritime et au chef du service déconcentré chargé des affaires maritimes sont exercées respectivement par le préfet du département et par le chef du service de la navigation ou, si cette fonction n'est pas pourvue, par le directeur départemental des territoires.

Pour l'application du second alinéa de l'article L. 2124-24, le préfet est compétent pour mettre en demeure les propriétaires intéressés de procéder à l'arrachage des arbres et broussailles dans le lit des rigoles d'entrée ou de sortie, les contre-canaux et les anciens dépendant du domaine public fluvial du canal du Midi.