Chaque formation du conseil se réunit au moins une fois par an à l'initiative du ministre chargé du travail ou, pour la commission spécialisée chargée des questions relatives aux activités agricoles, à l'initiative du ministre chargé de l'agriculture. Elle peut également être réunie sur la demande de la moitié, au moins, de ses membres. La convocation et l'ordre du jour de ces réunions sont établis par le secrétariat général du conseil. Sauf en cas d'urgence, la convocation et les documents qui s'y rapportent sont adressés aux membres quinze jours au moins avant la séance.
Le Conseil d'orientation sur les conditions de travail est assisté par un secrétaire général nommé par le ministre chargé du travail. Le secrétaire général assure, sous l'autorité du président, l'organisation des travaux du comité permanent ainsi que l'établissement de ses rapports.
Le secrétariat de la commission générale et des commissions spécialisées du conseil est assuré par la direction générale du travail.
Les avis du Conseil d'orientation sur les conditions de travail ou de ses formations, requis en application de l'article R. 4641-2, sont retracés dans le compte rendu des séances, établis par le secrétaire général ou, pour la commission spécialisée chargée des questions relatives aux activités agricoles, sur la proposition des services du ministre chargé de l'agriculture.S'il le juge nécessaire, le président fait procéder à un vote.
La création d'un groupe de travail par une formation du conseil est subordonnée à l'adoption, par celle-ci, d'un mandat écrit, précisant les objectifs, le calendrier prévisionnel et les modalités selon lesquelles ce groupe rapporte ses travaux à la formation qui lui a donné mandat.
La formation compétente propose au ministre chargé du travail la désignation d'un président et de rapporteurs techniques du groupe. Ces fonctions ne peuvent être confiées à un membre du conseil issu des collèges des départements ministériels et des organismes nationaux d'expertise et de prévention.
A la demande du conseil ou de ses formations, les administrations et les établissements publics de l'Etat leur communiquent les éléments d'information, les statistiques et les études disponibles nécessaires à l'exercice de leurs missions.
Le conseil fait connaître aux administrations et établissements publics de l'Etat son programme de travail afin qu'ils le prennent en compte dans leurs programmes de travaux statistiques et d'études.
Les frais de déplacement exposés par les membres du conseil ou de ses formations pour participer aux réunions leur sont remboursés, sur leur demande, sur la base du barème applicable aux frais de déplacement des fonctionnaires de l'Etat.