Le Conseil d'orientation sur les conditions de travail est assisté par un secrétaire général nommé par le ministre chargé du travail. Le secrétaire général assure, sous l'autorité du président, l'organisation des travaux du comité permanent ainsi que l'établissement de ses rapports.
Le secrétariat de la commission générale et des commissions spécialisées du conseil est assuré par la direction générale du travail.