Les ressources de l'agence proviennent : 1° Des taxes et redevances qu'elle est autorisée à percevoir ; 2° Des redevances représentatives de frais ou des contributions forfaitaires qui sont versées par les employeurs qui embauchent des travailleurs étrangers. Le taux de ces redevances ou contributions est fixé, pour le commerce et l'industrie, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'emploi, de l'immigration, et de l'économie et des finances, pour l'agriculture, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'emploi, de l'immigration, de l'économie et des finances et de l'agriculture ; 3° De la contribution spéciale prévue à l'article L. 8253-1 ; 4° Des dons, legs et libéralités de toute nature qu'elle est appelée à recueillir ; 5° Des avances et subventions de l'Etat ou d'autres collectivités publiques ; 6° Des produits financiers résultant du placement de ses fonds ; 7° Du produit des cessions et des participations ; 8° Du produit des aliénations ; 9° De tout autre produit prévu par des dispositions légales.

L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat dans les conditions fixées par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

Les délibérations relatives au budget et à ses modifications ainsi que les délibérations relatives au compte financier, à défaut de décision expresse déjà notifiée, sont exécutoires à l'expiration d'un délai d'un mois partant de la date de réception, par les ministres chargés de l'immigration, de l'emploi et du budget, de la délibération et des documents correspondants.

Les opérations financières et comptables de l'agence sont effectuées conformément aux dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatives à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'immigration, de l'emploi et du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général avec l'agrément du ministre chargé du budget et de l'agent comptable de l'agence. Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatives aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.