L'école est soumise au régime financier et comptable défini par le décret du n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et par les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique ainsi qu'au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

Par dérogation à l'article 157 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, l'agent comptable est nommé par arrêté des ministres chargés du budget et des sports et du ministre dont il relève pour sa gestion.

Les recettes de l'Ecole nationale de voile et des sports nautiques sont constituées notamment par :

1° Les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics et de toute autre personne publique ou privée ;

2° Les produits de prestations ;

3° Les sommes perçues au titre de la formation professionnelle ;

4° Le produit des représentations, des compétitions et des manifestations sportives ;

5° Les produits de la vente des publications de l'école et des prototypes et petites séries ;

6° Le produit des biens meubles ou immeubles ;

7° Les aliénations des biens meubles ou immeubles ;

8° Les redevances et remboursement divers ;

9° Les dons et legs ;

10° Les produits financiers résultant du placement de ses fonds ;

11° De façon générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'Ecole nationale de voile et des sports nautiques comprennent :

1° Les frais de personnels de l'établissement ;

2° Les frais de fonctionnement et d'investissement ;

3° De façon générale, toute dépense nécessaire à son activité.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.