Les comptes de l'agence sont établis selon les règles du plan comptable général.

Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le président de l'agence après avis du collège et approuvées par le ministre chargé du budget.

Les taux d'amortissement et de dépréciation ainsi que les modalités de tenue des inventaires sont fixés par le règlement comptable et financier.

L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.

Le compte financier est préparé par l'agent comptable et soumis par le président de l'agence au collège, qui entend l'agent comptable. Le compte financier est arrêté par le collège. Il est transmis à la Cour des comptes par le président de l'agence, accompagné des délibérations du collège relatives au budget, à ses modifications et au compte financier et de tous les autres documents demandés par les ministres ou par la cour, dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.

Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.