L'agence est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté des ministres chargés du budget et des sports.L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 portant loi de finances pour 1963 et du décret n° 64-1022 du 29 septembre 1964 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés.

Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'agence, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article R. 232-27 et de toutes les autres recettes de l'agence, du paiement des dépenses et du maniement des fonds ainsi que des mouvements de comptes de disponibilités.

Avec l'accord du président de l'agence, l'agent comptable peut, sous son contrôle, confier la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'agence.

L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président de l'agence.