Le secrétaire général est chargé du fonctionnement des services de l'agence sous l'autorité du président. A ce titre, dans les matières relevant de sa compétence, il peut déléguer sa signature dans les limites qu'il détermine et désigner les agents habilités à le représenter.
Le secrétaire général peut, par délégation du président, tenir la comptabilité des engagements de dépenses dans les conditions définies par le règlement comptable et financier.