Le Conseil national de la recherche archéologique comprend une commission des opérations sous-marines, présidée par le vice-président du Conseil national de la recherche archéologique. Elle comprend en outre : 1° Le directeur général des patrimoines au ministère chargé de la culture ; 2° Deux membres choisis parmi les personnalités qualifiées mentionnées au 2° de l'article R. 545-4 et deux personnalités qualifiées choisies en raison de leurs compétences en matière d'archéologie sous-marine, désignés par le ministre chargé de la culture ; 3° Cinq représentants élus par les commissions interrégionales de la recherche archéologique de l'Ouest, du Sud-Ouest, du Sud-Est, du Centre-Nord et de l'outre-mer, à raison d'un représentant par commission.

La commission des opérations sous-marines est chargée de définir les programmes nationaux de recherche archéologique en matière d'archéologie sous-marine. Elle est chargée d'émettre, au nom du Conseil national de la recherche archéologique, un avis : 1° Sur le montant de la récompense attribuée aux personnes ayant découvert et déclaré un bien culturel maritime dont la propriété est attribuée à l'Etat, conformément à l'article R. 532-4 ; 2° Sur la nature et le montant des récompenses prévues à l'article R. 541-4 et, en application de l'article R. 541-5R. 541-5, sur l'évaluation de l'importance des vestiges, lorsqu'il s'agit de biens culturels maritimes ; 3° Sur les opérations sous-marines effectuées dans le domaine public maritime ou au fond de la mer dans la zone contiguë, au sens de l'article L. 532-12. Le rapport annuel d'activités du service compétent en matière de recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines au ministère de la culture lui est soumis pour avis.