A la réception de la notification de l'attribution du diagnostic, l'opérateur élabore un projet d'intervention détaillant la mise en œuvre de la prescription et le soumet au préfet de région pour approbation. Si le projet soumis n'est pas conforme à la prescription qu'il a édictée, le préfet de région demande à l'opérateur de le modifier. Faute d'observation de la part du préfet dans le délai d'un mois, l'approbation est réputée acquise. Dès que le projet d'intervention a été approuvé et au plus tard deux mois après avoir reçu la notification de l'attribution du diagnostic, l'opérateur adresse à l'aménageur un projet de convention précisant les conditions de réalisation du diagnostic, telles que prévues à l'article R. 523-31.
La convention prévue à l'article R. 523-30 définit notamment : 1° Les délais de réalisation du diagnostic et de remise du rapport de diagnostic ; 2° Les conditions et délais de mise à disposition du terrain par l'aménageur et de préparation des opérations par l'opérateur ainsi que, le cas échéant, les conditions de restitution du terrain ; 3° L'indication des matériels, équipements et moyens apportés par l'aménageur et, le cas échéant, les modalités de leur prise en charge financière par l'opérateur ; 4° Le montant des pénalités par jour de retard dues soit par l'opérateur en cas de dépassement des délais définis au 1°, soit par l'aménageur en cas de dépassement des délais prévus au 2°.
La convention prévue à l'article R. 523-30 ne peut avoir pour effet la prise en charge, par l'opérateur, de travaux ou d'aménagements du chantier qu'impliquait, en tout état de cause, la réalisation du projet.
Les délais de réalisation du diagnostic et de remise du rapport de diagnostic prévus au 1° de l'article R. 523-31 courent à compter de la mise à disposition des terrains dans des conditions permettant de se livrer aux opérations archéologiques, telles que déterminées au 2° du même article.
En cas de désaccord sur les délais prévus à l'article R. 523-31 entre l'aménageur et l'opérateur, ceux-ci sont fixés par le préfet de région, saisi par la partie la plus diligente. Le préfet se prononce dans les quinze jours de sa saisine après avoir, s'il le juge utile, consulté la commission interrégionale de la recherche archéologique.
La convention prévue à l'article R. 523-30 est transmise au préfet de région.
Le rapport de diagnostic complet est transmis au préfet de région qui le porte à la connaissance de l'aménageur et du propriétaire du terrain.
Le délai de caducité de la prescription de diagnostic fixé à quatre mois par le troisième alinéa de l'article L. 523-7 court à compter de la signature de la convention prévue à l'article R. 523-30. Toutefois, si la convention prévoit une date de début d'opération sur le terrain postérieure à ce délai, la caducité intervient le jour suivant cette date dans l'hypothèse où, du fait de l'opérateur, le diagnostic n'a pas été engagé sur le terrain. Le délai de caducité de la prescription de diagnostic prévu au quatrième alinéa de l'article L. 523-7 est d'un mois à compter de la date conventionnelle d'achèvement des travaux archéologiques sur le terrain. Ce délai est porté à deux mois quand le diagnostic a été prescrit à l'occasion de travaux soumis à étude d'impact en application du code de l'environnement. Les délais prévus aux alinéas précédents sont suspendus en cas de force majeure.
Dès qu'il apparaît que le diagnostic ne peut être réalisé dans les délais, l'opérateur en informe le préfet de région. Il indique si des vestiges ont été découverts et en fournit une première caractérisation. Si le diagnostic inachevé a établi la présence de vestiges archéologiques ou que leur découverte est faite pendant les travaux d'aménagement, ils sont soumis aux dispositions des articles L. 531-14 à L. 531-16. Toutefois, pour leur conservation ou leur sauvegarde, le préfet de région peut édicter une des prescriptions postérieures au diagnostic prévues à l'article R. 523-15.