Lorsque des prescriptions archéologiques ont été formulées ou que le préfet de région a fait connaître son intention d'en formuler, les autorités compétentes pour délivrer les autorisations mentionnées à l'article R. 523-4 les assortissent d'une mention précisant que l'exécution de ces prescriptions est un préalable à la réalisation des travaux. Lorsque l'aménageur modifie son projet en application du 3° de l'article R. 523-15, les modifications de la consistance du projet indiquées par le préfet de région ont valeur de prescription. Si celles-ci ne sont pas de nature à imposer le dépôt d'une nouvelle demande d'autorisation, ou d'une demande de modification de l'autorisation délivrée, l'aménageur adresse au préfet de région une notice technique exposant le contenu des mesures prises.

Le préfet de région dispose d'un délai de vingt et un jours à compter de la réception d'un dossier complet pour prescrire la réalisation d'un diagnostic ou faire connaître son intention d'édicter une prescription de fouilles ou demander la modification de la consistance du projet. Ce délai est porté à deux mois lorsque les aménagements, ouvrages ou travaux projetés sont soumis à étude d'impact. En l'absence de notification de prescriptions dans le délai applicable en vertu de l'alinéa précédent, le préfet de région est réputé avoir renoncé à édicter celles-ci. Lorsque le préfet de région fait connaître à l'autorité compétente pour délivrer l'autorisation et à l'aménageur son intention d'édicter une prescription de fouilles ou de demander la modification de la consistance du projet, il doit notifier le contenu de cette prescription dans un délai qui ne peut dépasser trois mois à compter de la date de réception du dossier. Passé ce délai, il est réputé avoir renoncé à édicter de telles prescriptions.

Le préfet de région dispose d'un délai de trois mois à compter de la réception du rapport de diagnostic complet pour notifier le contenu des prescriptions postérieures au diagnostic. La date de réception du rapport de diagnostic complet est notifiée par le préfet de région à l'autorité qui instruit la demande d'autorisation et à l'aménageur. Dans le cas où le diagnostic a déjà été réalisé en application de l'article R. 523-14, le délai de trois mois court à compter de la réception du dossier par le préfet de région dans les conditions prévues aux articles R. 523-9 et R. 523-10 ou de la confirmation par l'aménageur de son intention de réaliser les aménagements, ouvrages ou travaux projetés. A défaut de notification dans ce délai, le préfet de région est réputé avoir renoncé à édicter de telles prescriptions.

Lorsque des prescriptions archéologiques ont été arrêtées à l'occasion de la création d'une zone d'aménagement concerté ou de l'autorisation d'un lotissement, aucune prescription supplémentaire ne peut être imposée lors de l'instruction des demandes d'autorisation d'urbanisme nécessaires à la réalisation de l'opération. Il en va de même si le préfet de région, régulièrement saisi du projet de réalisation de la zone ou du lotissement, a fait savoir à l'aménageur que son projet n'appelait pas d'intervention archéologique préventive. Si le préfet de région, saisi en application de l'article R. 523-14, a prescrit la réalisation d'un diagnostic archéologique, il ne peut édicter que des prescriptions mentionnées au 2° ou 3° de l'article R. 523-15 lorsqu'il reçoit, dans les conditions prévues aux articles R. 523-9 et R. 523-10, un dossier relatif à la même opération. Il en est de même, lorsque, saisi en application de l'article R. 523-14, il a prescrit des mesures postérieures au diagnostic ; il ne peut alors édicter aucune prescription supplémentaire lorsqu'il reçoit, dans les conditions prévues aux articles R. 523-9 et R. 523-10, un dossier relatif à la même opération.

Lorsque des opérations sont réalisées par tranches successives, le calendrier prévisionnel de leur réalisation est communiqué au préfet de région qui peut décider de prescrire les mesures prévues à l'article R. 523-15 soit pour la totalité du projet, soit lors de l'exécution de chaque tranche. Dans ce dernier cas, il définit par arrêté les délais de sa saisine et la nature des documents à fournir. Les opérations de diagnostic sont toutefois conduites pour l'ensemble du projet si la personne qui réalise ce projet en fait la demande.