Lorsque les travaux de fouilles archéologiques entrent dans le champ d'application des dispositions prévues au dernier alinéa de l'article L. 524-14, l'aménageur adresse au préfet de région une demande de prise en charge de leur coût en même temps que la demande d'autorisation de fouilles. Le contenu de la demande de prise en charge ainsi que les pièces à produire pour la constitution du dossier sont définies par un arrêté du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget. Pour les zones d'aménagement concerté et lotissements, lorsque la destination finale des lots est encore incertaine à la date de demande d'autorisation de fouilles, la demande indique la part prévisionnelle des surfaces affectées à des constructions ouvrant droit à une prise en charge du coût des fouilles.

Le préfet de région dispose d'un délai de trois mois, à compter de la réception de la demande dont il accuse réception, pour vérifier si les conditions posées par l'article L. 524-14 pour une prise en charge sont remplies. Toutefois, le préfet peut, par décision motivée adressée à l'aménageur, proroger de trois mois le délai d'instruction. A défaut de notification d'une décision dans ce délai, la prise en charge intervient de plein droit.

Si, à l'expiration d'un délai de deux ans à compter de la décision expresse de prise en charge ou de la naissance de la décision implicite, la fouille n'a reçu aucun commencement d'exécution, le préfet constate la caducité de sa décision et en informe le gestionnaire du Fonds national pour l'archéologie préventive. Le préfet de région peut toutefois fixer un délai inférieur ou, exceptionnellement, proroger la validité de sa décision pour une période qui ne peut excéder un an.

La décision expresse de prise en charge comporte notamment, outre le montant prévisionnel de la prise en charge, les modalités de paiement ainsi que les clauses de reversement. Elle vise le contrat prévu à l'article R. 523-44.

Le montant prévisionnel de la prise en charge est arrêté après vérification par le préfet du bien-fondé du montant de la demande. Celui-ci est apprécié au regard du cahier des charges scientifique de la prescription et de la nature de l'opération archéologique.

Le montant attribué peut être révisé si des prescriptions complémentaires du préfet de région entraînent un coût final de l'opération de fouilles archéologiques excédant de plus de 5 % le coût prévisionnel objet de la décision de prise en charge. Le complément de prise en charge éventuel fait l'objet d'une nouvelle décision.

La liquidation de la prise en charge correspond au coût réel de l'opération de fouilles, plafonné au montant prévisionnel de la dépense prise en charge. Le paiement de la prise en charge est réalisé par prélèvement sur les crédits du Fonds national pour l'archéologie préventive, sur justification par l'aménageur de la réalisation de l'opération de fouilles. A l'exception des demandes prévisionnelles présentées pour les zones d'aménagement concerté et les lotissements, une avance peut être versée lors du commencement d'exécution, qui ne peut dépasser 30 % du montant prévisionnel alloué. Des acomptes peuvent être versés au fur et à mesure de la réalisation de l'opération de fouilles. Le montant cumulé de l'avance et des acomptes ne peut excéder 80 % du montant prévisionnel de la prise en charge. Le solde est payé sur production par l'aménageur, dans un délai de six mois à compter de la date de remise du rapport final, de l'attestation de libération du terrain ou du certificat prévus à l'article R. 523-59 et de la facture qu'il a acquittée établissant le coût réel de la fouille.

Les personnes physiques construisant pour elles-mêmes et les organismes construisant les logements visés au dernier alinéa de l'article L. 524-14 peuvent donner mandat à l'opérateur pour qu'il encaisse directement les sommes accordées pour la prise en charge et qu'il procède, le cas échéant, à leur reversement total ou partiel à la demande du préfet de région. Ce mandat doit être transmis à ce dernier en même temps que la demande de prise en charge. Dans ce cas, le solde est payé par prélèvement sur les crédits du Fonds national pour l'archéologie préventive, sur production par le mandataire de la facture établissant le coût réel de la fouille accompagnée de l'attestation de libération du terrain ou du certificat prévus à l'article R. 523-59.

Lorsqu'est intervenue une décision implicite de prise en charge par application de l'article R. 524-25, ses modalités de mise en œuvre sont définies par le préfet de région par référence, en tant que de besoin, aux articles R. 524-27 à R. 524-31.

Le préfet de région exige le reversement total ou partiel des sommes allouées si l'opération n'est pas réalisée dans les conditions prévues par la décision de prise en charge.