Le responsable scientifique est l'interlocuteur du préfet de région et le garant de la qualité scientifique de l'opération archéologique. A ce titre, il prend, dans le cadre de la mise en œuvre du projet d'intervention de l'opérateur, les décisions relatives à la conduite scientifique de l'opération et à l'élaboration du rapport dont il dirige la rédaction. Il peut être différent pour la réalisation du diagnostic et pour la réalisation des fouilles.