La région est chargée, en tant qu'autorité organisatrice des transports collectifs d'intérêt régional, de l'organisation : 1° Des services ferroviaires régionaux de personnes, qui sont les services ferroviaires de personnes, effectués sur le réseau ferré national, à l'exception des services d'intérêt national et des services internationaux ; 2° Des services routiers effectués en substitution de ces services ferroviaires. Dans le respect des compétences des départements, des communes et de leurs groupements et dans celui de la cohérence et de l'unicité du système ferroviaire dont l'Etat est le garant, la région définit, dans son ressort territorial, le contenu du service public de transport régional de personnes, notamment les dessertes, la tarification, la qualité du service et l'information de l'usager, en tenant compte du schéma régional des infrastructures et des transports mentionné à l'article L. 1213-1. La région exerce ses compétences en matière de tarifications dans le respect des principes du système tarifaire national. Les tarifs sociaux nationaux s'appliquent aux services régionaux de personnes. Les conditions d'application du présent article sont fixées par décret en Conseil d'Etat.

Une convention passée entre chaque région et la Société nationale des chemins de fer français fixe les conditions d'exploitation et de financement des services ferroviaires relevant de la compétence régionale. Le contenu de la convention et les modalités de règlement des litiges entre les régions et la Société nationale des chemins de fer français sont précisés par décret en Conseil d'Etat.

Toute création ou suppression de la desserte d'un itinéraire par un service régional de personnes ou de la desserte d'un point d'arrêt par un service régional de personnes est soumise pour avis aux départements et aux communes concernés.

Lorsqu'une liaison se prolonge au-delà du ressort territorial de la région, celle-ci peut passer une convention avec une région limitrophe, ou avec le Syndicat des transports d'Ile-de-France, pour l'organisation des services définis par l'article L. 2121-3. La mise en œuvre de ces services fait l'objet d'une convention d'exploitation particulière entre l'une ou les deux autorités compétentes mentionnées au premier alinéa et la Société nationale des chemins de fer français, sans préjudice des responsabilités que l'Etat a confiées à cette dernière pour l'organisation des services d'intérêt national.

La région peut conclure une convention avec une autorité organisatrice de transport d'une région limitrophe d'un Etat voisin pour l'organisation de services ferroviaires régionaux transfrontaliers de personnes, dans les conditions prévues par le code général des collectivités territoriales et les traités en vigueur. A défaut d'autorité organisatrice de transport dans la région limitrophe de l'Etat voisin, la région peut demander à la Société nationale des chemins de fer français de conclure une convention avec le transporteur compétent de l'Etat voisin pour l'organisation de tels services.

Les modifications des services d'intérêt national, liées à la mise en service d'une infrastructure nouvelle ou consécutives à une opération de modernisation approuvée par l'Etat et qui rendent nécessaire une recomposition de l'offre des services régionaux de personnes, donnent lieu à une révision de la compensation versée par l'Etat au titre du transfert de compétences dans des conditions prévues par décret en Conseil d'Etat.