Les comptables de Voies navigables de France procèdent au recouvrement des redevances et droits fixes dus pour toute emprise sur le domaine confié à l'établissement public ou pour tout autre usage de celui-ci.

Voies navigables de France est substitué à l'Etat dans l'exercice des pouvoirs dévolus à ce dernier pour la répression des atteintes à l'intégrité et à la conservation du domaine public qui lui est confié. Il représente l'Etat dans l'exercice du pouvoir de transaction prévu par l'article L. 2132-25 du code général de la propriété des personnes publiques. Toutefois, les contraventions sont constatées par les agents mentionnés aux articles L. 2132-21 et L. 2132-23 du code général de la propriété des personnes publiques.

Dans le cas où des atteintes à l'intégrité et à la conservation du domaine confié à Voies navigables de France ont été constatées, le président de Voies navigables de France saisit le tribunal administratif territorialement compétent, en lieu et place du préfet, dans les conditions et suivant les procédures prévues par le chapitre IV du titre VII du livre VII du code de justice administrative. Le président de Voies navigables de France peut déléguer sa signature au directeur général. Le directeur général peut subdéléguer sa signature aux chefs des services déconcentrés de l'Etat qui sont les représentants locaux de l'établissement.

Les modalités de gestion du domaine confié à Voies navigables de France sont définies par décret en Conseil d'Etat.