Le directoire est responsable de l'exécution des décisions du conseil de surveillance.
Le président du conseil de surveillance prépare les observations du conseil sur le rapport que le directoire doit présenter chaque année sur la situation du grand port maritime et l'avancement du projet stratégique.
Le rapport du directoire, accompagné des observations du conseil, est adressé avant le 30 juin à chacun des ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et du budget.