La redevance sur le navire n'est pas applicable aux :
1° Navires affectés à l'assistance aux navires, notamment aux missions de pilotage, de remorquage, de lamanage et de sauvetage ;
2° Navires affectés à la récupération des déchets et à la lutte contre la pollution ;
3° Navires affectés aux dragages d'entretien, à la signalisation maritime, à la lutte contre l'incendie et aux services administratifs ;
4° Navires en relâche forcée qui n'effectuent aucune opération commerciale ;
5° Navires qui, ne pouvant avoir accès à une installation portuaire, sont contraints d'effectuer leurs opérations de débarquement, d'embarquement ou de transbordement en dehors du port.
L'acte fixant dans chaque port la redevance sur le navire peut prévoir une exonération en faveur des navires affectés à des missions culturelles ou humanitaires ou présentant un intérêt général pour le patrimoine maritime.