Le haut-commissaire de la République est ordonnateur des recettes et des dépenses correspondant à la seconde part de la dotation spéciale régie par les dispositions des articles L. 2334-27, L. 2334-28 et L. 2334-29 du code général des collectivités territoriales dans leur rédaction issue de l'article 9-1 de la loi n° 99-210 du 19 mars 1999 relative à la Nouvelle-Calédonie.

Les services de l'Etat effectuent les opérations de calcul et de paiement de l'indemnité représentative de logement des instituteurs dans les conditions fixées par les articles R. 234-12-2 à R. 234-12-4.

Le paiement des indemnités se fait sans mandatement préalable. Un mandat de régularisation est établi mensuellement par le haut-commissaire au vu d'un état récapitulatif indiquant le nombre de bénéficiaires et le montant total des fonds versés.

Il est établi tous les ans dans les mêmes conditions un relevé des paiements effectués par agent.

Le calcul des sommes dues aux bénéficiaires est transmis par les services du haut-commissaire au trésorier-payeur général chargé du paiement de la rémunération principale des bénéficiaires de l'indemnité. Ce dernier notifie les opérations effectuées au comptable public qui procède aux opérations de contrôle définies au B de l'article 12 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, à l'exception du contrôle du caractère libératoire du règlement qui incombe au trésorier-payeur général.

La constatation des indus sur l'indemnité représentative de logement est faite par les services de l'Etat dans les conditions prévues par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation, de l'intérieur, du budget et de l'outre-mer.

Le trop-perçu est imputé sur l'indemnité représentative de logement restant à verser. Lorsque son montant est supérieur à celui de l'indemnité, l'apurement se poursuit le ou les mois suivants. Lorsque le trop-perçu ne peut être récupéré selon ces modalités, les actes de poursuite relatifs à son recouvrement s'effectuent sans l'autorisation de l'ordonnateur. Le recouvrement est assuré par le comptable public.