Au vu des propositions du préfet, les ministres chargés de l'environnement et de l'économie statuent définitivement sur la demande, par arrêté conjoint, et fixent, si celle-ci est reconnue fondée, le montant des préjudices pris en charge par le fonds de garantie, compte tenu des disponibilités de ce dernier. Si l'arrêté conjoint n'est pas intervenu dans un délai de six mois à compter de la décision de poursuivre l'instruction, la demande est réputée rejetée.
Un arrêté conjoint des mêmes ministres détermine les sommes prélevées sur le fonds de garantie au titre du 6° de l'article R. 424-3.
La Caisse centrale de réassurance, pour le compte du fonds, transfère les sommes mentionnées au premier alinéa au contrôleur budgétaire et comptable ministériel placé auprès du ministre chargé de l'économie. Ce dernier les met à la disposition du trésorier-payeur général de chaque département concerné. Le préfet du département concerné engage et ordonnance les sommes à verser au titre des indemnisations. Les reliquats éventuels des crédits ainsi affectés et restés non utilisés sont reversés au fonds.