Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est assuré dans les conditions prévues par les décrets n° 62-1587 du 29 décembre 1962 et n° 53-1227 du 10 décembre 1953.
La comptabilité de l'établissement est distincte de celle de la Caisse des dépôts et consignations.
Les fonds de l'établissement sont déposés en compte propre au Trésor.