L'établissement est administré par un conseil d'administration de vingt membres. Ce conseil d'administration comprend :
a) Un président, désigné par décret parmi les membres du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes ou de l'inspection générale des finances ;
b) Deux parlementaires désignés pour trois ans, l'un par l'Assemblée nationale, l'autre par le Sénat ;
c) Le directeur des routes, vice-président ;
d) Le vice-président du conseil général des ponts et chaussées ou son représentant ;
e) Le directeur de la sécurité et de la circulation routières ou son représentant ;
f) Le directeur général de l'Agence des participations de l'Etat ou son représentant ;
g) Le directeur de la prévision ou son représentant ;
h) Le directeur du budget ou son représentant ;
i) Le directeur de la comptabilité publique ou son représentant ;
j) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
k) Le délégué à l'aménagement du territoire et à l'action régionale ou son représentant ;
l) Le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations ou son représentant ;
m) Un membre désigné par arrêté du ministre chargé de la voirie nationale parmi les présidents de sociétés d'économie mixte concessionnaires d'autoroutes ;
n) Six membres représentant les collectivités territoriales actionnaires des sociétés d'économie mixte concessionnaires d'autoroutes désignées ci-après : Société des autoroutes du Sud de la France, Société des autoroutes Paris-Rhin-Rhône, Société des autoroutes du Nord et de l'Est de la France, Société des autoroutes Estérel-Côte d'Azur-Provence-Alpes, Société des autoroutes Rhônes-Alpes, Société des autoroutes Paris-Normandie, à raison d'un membre par société. Chaque membre est choisi en son sein par le collège des représentants permanents des collectivités territoriales administrateurs de la société concernée. Lorsqu'un membre ainsi désigné perd la qualité de représentant permanent d'une collectivité territoriale administrateur, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions.
Le président et le membre choisi parmi les présidents des sociétés sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions jusqu'à l'expiration du mandat en cours.
Les fonctions de président et d'administrateur ne sont pas rémunérées.
Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président.
Les délibérations sont prises à la majorité simple des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent avec voix consultative aux délibérations du conseil d'administration.