L'agent comptable de la caisse est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale, sur présentation du conseil d'administration. Il est mis fin à ses fonctions par arrêté conjoint des mêmes ministres.
L'agent comptable établit les comptes annuels du régime. Il les présente avec le directeur au conseil d'administration.