Les opérations financières et comptables de chaque organisme agréé sont effectuées sous le contrôle du conseil d'administration, par un directeur et un agent comptable.

Le directeur de chaque organisme agréé est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé de la culture.

L'agent comptable de chaque organisme est nommé par un arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale, du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget. Il est tenu d'assurer la gestion des comptes distincts correspondant au fonctionnement de l'organisme agréé.