Dans chaque région, le contrôle médical est placé sous la direction d'un médecin conseil régional, assisté d'un médecin conseil régional adjoint, et éventuellement de praticiens conseils auxquels il peut confier certaines attributions ou missions d'ordre technique. Le médecin conseil régional et le médecin conseil régional adjoint remplissent les fonctions de conseiller technique des caisses primaires d'assurance maladie et des caisses d'assurance retraite et de la santé au travail de leur région, notamment en matière d'action sanitaire et sociale. Le médecin conseil régional établit, chaque année, le rapport d'activité du contrôle médical pour la région. Ce rapport est adressé à la caisse nationale, au directeur général de l'agence régionale de santé et au ministre chargé de la sécurité sociale.

Le médecin conseil régional ou le médecin conseil régional adjoint est invité aux séances du conseil d'administration de la caisse d'assurance retraite et de la santé au travail et des commissions ayant reçu délégation de ce conseil, sauf lorsque ces organismes délibèrent sur des problèmes individuels concernant le personnel de direction et sur le statut du personnel.