Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 modifié relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique. Les disponibilités de l'établissement sont déposées auprès d'un comptable du Trésor.

L'agent comptable du fonds est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la sécurité sociale, de l'emploi et du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Le fonds est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements publics autonomes de l'Etat.