Des programmes prévoient les actions et les financements permettant la mise en œuvre du projet régional de santé. Un même programme peut prévoir des mesures relevant de plusieurs schémas.

Chaque programme détermine les résultats attendus, les indicateurs permettant de mesurer leur réalisation et le calendrier de mise en œuvre des actions prévues. Il fixe les modalités de suivi et d'évaluation de ces actions.

Les programmes territoriaux de santé et les contrats locaux de santé sont soumis pour avis aux conférences des territoires concernés.

La commission de coordination des politiques publiques de santé compétente dans le domaine des prises en charge et des accompagnements médico-sociaux est consultée sur le programme interdépartemental d'accompagnement des handicaps et de la perte d'autonomie.