Le budget de l'organisme gestionnaire comporte un budget de gestion administrative et un budget de financement du développement professionnel continu des professionnels de santé libéraux et de ceux exerçant dans les centres de santé conventionnés. Le budget de financement du développement professionnel continu des professionnels de santé libéraux et de ceux exerçant dans les centres de santé conventionnés est divisé en sections par profession et comporte une section interprofessionnelle.

Une comptabilité distincte est établie par budget et par section.

La convention constitutive de l'organisme gestionnaire détermine les conditions dans lesquelles il peut être procédé en cours d'exercice à des réaffectations du budget de gestion administrative au budget de financement du développement professionnel continu et entre sections de ce budget.