A leur arrivée, hors cas d'urgence, les patients présentent les documents établissant leurs droits d'accès aux soins du service de santé des armées et définissant les modalités de prise en charge des frais afférents.

Les frais d'hospitalisation sont facturés sur la base des tarifs en vigueur dans les hôpitaux des armées. Ils sont pris en charge par les régimes d'assurance maladie auxquels sont affiliés les patients admis et éventuellement par l'aide médicale de l'Etat. Ils peuvent également être pris en charge par les mutuelles, les institutions de prévoyance et les sociétés d'assurance.

Les frais qui restent à la charge du patient sont payés par celui-ci à l'hôpital des armées intéressé.