Les orientations nationales du fonds sont déterminées par le conseil national de pilotage des agences régionales de santé.

La répartition régionale des crédits est fixée chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé, du budget, de la sécurité sociale, des personnes âgées et des personnes handicapées, après avis du conseil national de pilotage des agences régionales de santé.

La gestion comptable et financière du fonds est confiée à la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés. Elle peut déléguer une partie de ses crédits aux agences régionales de santé.

Les sommes notifiées par les agences régionales de santé au titre d'un exercice pour des actions, expérimentations et structures financées par le fonds sont prescrites à son profit au 31 décembre du quatrième exercice suivant dans des conditions fixées par décret.

En vue de permettre un suivi de l'utilisation des dotations affectées au fonds d'intervention régional, un bilan élaboré sur la base des données transmises par chaque agence régionale de santé est adressé au Parlement avant le 15 octobre de chaque année. Ce bilan contient notamment une analyse du bien-fondé du périmètre des actions mentionnées à l'article L. 1435-8, de l'évolution du montant des dotations régionales annuelles affectées au fonds ainsi qu'une explicitation des critères de répartition régionale.