L'agence de santé est soumise au régime budgétaire et comptable des établissements publics nationaux à caractère administratif prévu par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation budgétaire applicable aux établissements publics à caractère administratif, à l'exception de ses articles 15, 18 et 19 remplacés par les dispositions ci-dessous, et par les articles 154 à 186 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

Le compte financier est adressé par l'agent comptable de l'agence de santé, avant l'expiration du huitième mois suivant la clôture de l'exercice, au ministre des finances qui le transmet à la Cour des comptes. Le compte financier doit être présenté à la cour en état d'examen.

Faute de présentation dans le délai prescrit, le ministre des finances peut désigner d'office un agent chargé de la reddition des comptes.