Le directeur général de l'institut Gustave Roussy est assisté par un directeur général adjoint. Ses fonctions sont définies par arrêté du ministre chargé de la santé.

Le directeur général adjoint est nommé, pour une période de cinq ans renouvelable, par arrêté du ministre chargé de la santé après avis du conseil d'administration de l'institut Gustave Roussy et de la fédération nationale la plus représentative des centres de lutte contre le cancer.

Le président du conseil d'administration de l'institut Gustave Roussy peut demander au ministre chargé de la santé de mettre fin par anticipation au mandat du directeur général adjoint.