L'agence est administrée par un conseil.

Le conseil définit les mesures propres à garantir la qualité, la transparence et la publicité des procédures d'évaluation.

Son président, nommé parmi ses membres, dirige l'agence et a autorité sur ses personnels.

Le conseil est composé de vingt-cinq membres français, communautaires ou internationaux, reconnus pour la qualité de leurs travaux scientifiques, nommés par décret. Il comprend :

1° Neuf personnalités qualifiées, dont un tiers au moins issu du secteur de la recherche privée ;

2° Sept membres ayant la qualité de chercheurs, d'ingénieurs ou d'enseignants-chercheurs, sur proposition des directeurs ou présidents des établissements publics d'enseignement supérieur et de recherche et des organismes de recherche ;

3° Sept membres ayant la qualité de chercheurs, d'ingénieurs ou d'enseignants-chercheurs, sur proposition des instances d'évaluation compétentes en matière d'enseignement supérieur et de recherche, notamment celles mentionnées à l'article L. 952-6 du code de l'éducation et à l'article L. 321-2L. 321-2 du présent code ;

4° Deux parlementaires membres de l'Office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques.