Les forces françaises stationnées sur le territoire de la République de Djibouti sont placées sous le commandement d'un officier général qui porte le titre de commandant des forces françaises stationnées à Djibouti.Cet officier relève directement du chef d'état-major des armées.Il est assisté par trois adjoints, officiers supérieurs appartenant à chacune des armées.

Le commandant des forces françaises stationnées à Djibouti a autorité sur les formations et éléments de service des trois armées stationnées dans les limites territoriales de son commandement. Il exerce par ailleurs, lorsqu'elle lui est accordée, une autorité d'emploi sur les organismes locaux relevant des autres directions et services du ministère de la défense. Il peut consentir des délégations de signature à ses adjoints mentionnés à l'article D. 3241-5 et aux responsables locaux des organismes sur lesquels il exerce une autorité d'emploi.

Sous l'autorité du chef de la mission diplomatique française auprès de la République de Djibouti, le commandant des forces françaises veille à l'application des accords relatifs à la présence et au statut des forces françaises stationnées sur le territoire de la République à Djibouti.Sous couvert de la même autorité, il entretient toutes relations utiles avec les autorités djiboutiennes.Le commandant des forces françaises stationnées à Djibouti est habilité à correspondre avec les organes militaires de la communauté économique régionale dont fait partie la République de Djibouti. Il tient les chefs des missions diplomatiques françaises auprès des pays membres de cette communauté informés des relations qu'il entretient à ce titre et des déplacements qu'il peut être conduit à effectuer dans ces pays.

Le commandant des forces françaises stationnées à Djibouti dispose d'un état-major interarmées dont la structure et les effectifs sont fixés par le ministre de la défense.