Le régime financier et comptable défini par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif, n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique et n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat est applicable à l'établissement.

L'Etablissement public d'insertion de la défense est soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'Etablissement public d'insertion de la défense est nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget.

Les dépenses de l'Etablissement public d'insertion de la défense comprennent les frais de personnel, les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies de dépenses dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. Les régisseurs sont désignés par le directeur général avec l'agrément de l'agent comptable.

Un arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget détermine les conditions d'affectation à l'établissement des biens meubles et immeubles nécessaires à son fonctionnement. Une convention conclue entre l'Etat et l'établissement définit les modalités d'utilisation des biens ainsi affectés.