Le conseil de discipline est chargé d'examiner le cas des étudiants ayant enfreint les dispositions du règlement intérieur ou du règlement de scolarité de l'établissement notamment en cas de fraude ou de tentative de fraude commise à l'occasion d'une inscription ou d'un examen. Ce conseil comprend :1° Le vice président du conseil d'administration, président ;2° Trois membres désignés par le conseil d'administration et en son sein parmi les personnels occupant dans l'institut des fonctions d'enseignement et de recherche ;3° Un membre désigné par le conseil d'administration parmi les personnels occupant dans l'institut des fonctions de responsabilité en matière d'administration ;4° Deux étudiants, désignés par le conseil d'administration et en son sein.La saisine du conseil de discipline de la situation d'un étudiant est décidée par le directeur général de l'institut.Le conseil de discipline se réunit sur convocation de son président. Il ne peut délibérer que lorsque quatre de ses membres au moins sont présents.Le conseil de discipline se prononce à la majorité absolue des membres présents.

Les étudiants qui ont enfreint les dispositions du règlement intérieur ou du règlement de scolarité de l'institut ou qui sont auteurs ou complices d'une fraude ou d'une tentative de fraude commise à l'occasion d'une inscription ou d'un examen sont passibles des sanctions disciplinaires suivantes :1° L'avertissement ;2° Le blâme ;3° L'exclusion temporaire, d'une durée ne pouvant dépasser un mois ;4° L'exclusion définitive de l'ISAE.L'avertissement est prononcé par le directeur général de l'institut après que l'intéressé ait été mis à même de faire valoir ses droits.Le blâme et l'exclusion temporaire sont prononcés par le directeur général de l'institut, après avis du conseil de discipline.L'exclusion définitive est prononcée par l'autorité qui a prononcé l'admission, après avis conforme du conseil de discipline.

Le personnel de l'ISAE relève du seul régime disciplinaire applicable à son statut ou son cadre d'emplois.