Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président au moins deux fois par an, sur un ordre du jour déterminé par celui-ci. Il peut également se réunir à la demande de l'autorité de tutelle ou à celle d'un tiers au moins de ses membres, sur un ordre du jour déterminé.
Le conseil d'administration détermine, dans le cadre des orientations fixées par le ministre de la défense, la politique générale de l'établissement, notamment en ce qui concerne le soutien opérationnel des armées.
Le conseil d'administration délibère obligatoirement sur les objets suivants :
1° Etats prévisionnels de recettes et de dépenses et leurs modifications éventuelles ;
2° Comptes financiers ;
3° Affectations des résultats ;
4° Prises ou extensions de participations financières ;
5° Créations ou cessions de sociétés filiales ;
6° Emprunts ou garanties quel qu'en soit le montant ;
7° Acquisitions et aliénations d'immeubles ;
8° Echanges et constructions d'immeubles ou toute immobilisation dont le montant dépasse un seuil fixé par le ministre de l'économie, des finances et de l'industrie ;
9° Transactions ;
10° Créations et suppressions des comptoirs ;
11° Conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel.
Le président peut soumettre toute autre question au conseil d'administration pour délibération ou avis.
L'avis du conseil d'administration est demandé pour l'organisation générale de la direction générale de l'économat et des comptoirs.
Le conseil d'administration établit son règlement intérieur et fixe le siège social de l'établissement public. Tout membre du conseil peut se faire communiquer les documents internes et les informations nécessaires au bon exercice de son mandat, en respectant leur caractère confidentiel.