L'Ecole nationale supérieure de techniques avancées est soumise au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités particulières d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.