Lorsque les dommages ont été causés à un navire au cours de sa réquisition, l'Etat exécute ou fait exécuter à son compte les travaux et remplacements nécessaires pour remettre le navire et son matériel dans l'état indiqué par l'inventaire et l'état descriptif dressés lors de la prise de possession, sous réserve de l'usure normale qui est couverte par l'amortissement inclus dans l'indemnité de réquisition. Ces travaux et remplacements à la charge de l'Etat sont constatés contradictoirement lors de l'établissement du procès-verbal de levée de réquisition, sur lequel est indiquée la durée probable totale de l'immobilisation qui en résulte. Depuis le jour de la levée de réquisition jusqu'au jour où le navire est restitué après remise en état à son armateur, celui-ci perçoit une indemnité de post-réquisition. Cette indemnité est calculée dans les conditions prévues au quatrième alinéa de l'article L. 2234-19. Elle est exclusive de l'indemnité complémentaire prévue aux articles R. 2234-26 à R. 2234-29.

Toutefois, l'Etat peut se libérer de l'obligation de remise en état par le paiement d'une indemnité forfaitaire tenant compte du coût estimé des travaux et remplacements, ainsi qu'éventuellement du délai pendant lequel l'armateur aurait eu droit à l'indemnité de post-réquisition. Cette indemnité est fixée par accord amiable avec l'armateur ou, à défaut, par décision administrative, après avis de la commission spéciale d'évaluation des réquisitions de navires.