Le secrétaire général du Conseil supérieur participe aux séances de l'assemblée plénière et préside le conseil restreint. Il peut être chargé par le ministre de la défense de toute mission dans le domaine de la réserve militaire et de représenter à ce titre le ministre de la défense auprès des associations de réservistes. Il est chargé de l'animation de la politique de la réserve citoyenne. Il veille au développement du partenariat entre les armées et formations rattachées, les réservistes et leurs employeurs. Il assure la liaison entre l'administration centrale et les commandements interarmées territoriaux signataires de conventions de soutien à la politique de la réserve. Il dirige le secrétariat général du Conseil supérieur.