Le fonctionnement financier et comptable du Centre scientifique et technique du bâtiment est assuré dans les conditions prévues par les dispositions des articles 151 à 153 et 190 à 225 du décret n° 62-1587 modifié du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

Le régime financier et comptable du centre est précisé ou complété en tant que de besoin par le règlement financier et comptable arrêté conjointement par le ministre chargé du budget et le ministre chargé de la construction qui prévoit notamment les conditions dans lesquelles l'établissement doit faire apparaître dans sa comptabilité, de manière distincte, les opérations prévues au II de l'article R. 142-1.

Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Le Centre scientifique et technique du bâtiment est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 modifié relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.