La caisse est administrée par un conseil d'administration composé à parts égales de représentants de l'Etat, d'une part, et de représentants de l'Union nationale des fédérations d'organismes d'habitations à loyer modéré et de la fédération des sociétés d'économie mixte, d'autre part, ainsi que d'un représentant de l'Agence nationale pour la rénovation urbaine et d'une personnalité qualifiée, désignée par le ministre chargé du logement après avis des représentants des organismes d'habitations à loyer modéré, à raison de ses compétences dans le domaine du logement.

Le conseil d'administration élit en son sein un président parmi les représentants des organismes d'habitations à loyer modéré.