L'agence gère un fonds de garantie dont les règles d'intervention sont définies par arrêté conjoint des ministres intéressés, afin de faciliter la bonne fin des opérations engagées par les organismes collecteurs agréés autres que les organismes d'habitations à loyer modéré et les sociétés d'économie mixte .

Le fonds de garantie est alimenté par un prélèvement annuel opéré sur les fonds collectés par ces organismes et dont le montant est déterminé par le conseil d'administration de l'agence dans la limite d'un plafond fixé par arrêté conjoint des ministres hargés du logement, de l'économie et du budget, ainsi que par les produits financiers résultant du placement de ces sommes.