Lorsque l'opération doit être réalisée sur le territoire de plusieurs départements, l'enquête est ouverte et organisée par un arrêté conjoint des préfets des départements intéressés. Le préfet du département où doit être réalisée la plus grande partie de l'opération est alors chargé de coordonner l'organisation de l'enquête et d'en centraliser les résultats.