Le directeur général de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est nommé par arrêté du ministre chargé de l'environnement.

Le directeur général assure la direction de l'établissement et le fonctionnement des services ; à ce titre, il recrute et gère le personnel.

Il assure le secrétariat du conseil d'administration, assiste le président dans la préparation des délibérations du conseil, pourvoit à l'exécution des décisions de celui-ci et lui en rend compte.

Il prépare et exécute le budget de l'établissement.

Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.

Il est le pouvoir adjudicateur de l'établissement.

Il représente l'office dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.

Il représente l'office dans ses actions de coopération internationale.

Il représente l'office en justice et décide des actions en justice et des transactions dans les limites fixées par le conseil d'administration et lui en rend compte.

Il peut déléguer sa signature.