En application de l'article L. 212-2-1, le préfet coordonnateur de bassin soumet pour avis au comité de bassin le projet de programme pluriannuel de mesures. A défaut de s'être prononcé dans les quatre mois suivant la transmission du document, le comité de bassin est réputé avoir donné un avis favorable.

Le préfet coordonnateur de bassin engage et mène les procédures consultatives prévues à l'article R. 212-7. Au terme de ces consultations, il arrête le programme dont il adresse copie aux préfets des départements inclus dans la circonscription du bassin ou groupement de bassins ainsi qu'au président du comité de bassin. Le programme est tenu à la disposition du public dans les préfectures et sur le site internet et dans les locaux du comité de bassin.

Les mesures figurant dans le programme sont mises en oeuvre sous la forme notamment de dispositions réglementaires, d'incitations financières ou d'accords négociés.

Les mesures à mettre en oeuvre pour les masses d'eau identifiées dans l'état des lieux comme risquant de ne pas satisfaire aux objectifs de qualité environnementale font l'objet d'une analyse économique préalable afin de rechercher leur combinaison la plus efficace à un moindre coût.

Afin de réduire le traitement nécessaire à la production d'eau destinée à la consommation humaine conformément aux objectifs mentionnés à l'article R. 212-14, le programme comporte, dans les zones de protection des prélèvements d'eau et, le cas échéant, dans d'autres zones protégées mentionnées à l'article R. 212-4, des mesures particulières propres à prévenir les pollutions, notamment par les nitrates et pesticides.

Afin de prévenir ou réduire progressivement la pollution des eaux souterraines et conformément à l'article L. 212-2-1, des mesures sont mises en œuvre afin d'inverser les tendances à la dégradation de l'état des eaux souterraines, qu'elles soient avérées ou potentielles, qui présentent un risque significatif et durable d'atteinte à la qualité des écosystèmes aquatiques ou terrestres, à la santé humaine ou aux utilisations légitimes, de l'environnement aquatique.