Le fonctionnement financier et comptable de l'agence s'exerce dans les conditions prévues par les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant réglementation générale sur la comptabilité publique, relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget. Il est mis fin à ses fonctions dans les mêmes conditions.

Il est placé sous l'autorité du président du conseil d'administration.

Des comptables secondaires sont nommés par le ministre chargé du budget après avis du président du conseil d'administration.

Les recettes de l'agence comprennent :

1° Les versements de l'Etat et des personnes publiques et privées ;

2° Le produit des intérêts et du remboursement des prêts consentis par l'agence ;

3° Les revenus des biens meubles et immeubles de l'agence et le produit de leur aliénation ;

4° Le produit des emprunts et des participations ;

5° Le produit des taxes qui lui est affecté dans les conditions prévues par les lois de finances ;

6° Le produit de redevances pour services rendus et de redevances sur les inventions et procédés nouveaux à la réalisation desquels l'agence aurait contribué ;

7° Les dons et legs ;

8° Le produit des publications ;

9° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements en vigueur.

Des régies de dépenses et de recettes peuvent être créées par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle et du budget dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'agence est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'économie, assure le contrôle de la gestion financière de l'agence.

Sous réserve des dispositions de l'article R. 131-10, l'agence est également régie par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 modifié relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social.

Un arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget précise, en tant que de besoin, les modalités d'application des articles R. 131-21 à R. 131-23.