L'agence est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par les décrets n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôle de la gestion financière de l'établissement est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier.