L'office est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, par les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif, les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique et l'article 60 de la loi de finances pour 1963 (loi n° 63-156) relatif à la responsabilité des comptables publics.

Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont définies, en tant que de besoin, par arrêté du ministre de l'économie, des finances et du budget, du ministre chargé de l'agriculture et de la forêt et du ministre chargé de la chasse.