Le programme de surveillance mentionné au 4° du I de l'article L. 219-9 est élaboré et mis en œuvre en se référant aux éléments utilisés dans l'évaluation initiale prévus par l'article R. 219-5 et en se fondant sur la liste figurant à l'annexe V de la directive n° 2008/56/ CE du Parlement européen et du Conseil du 17 juin 2008 mentionnée à l'article R. 219-2.

Il s'appuie sur les dispositifs d'évaluation et de surveillance issus de la mise en œuvre de la législation européenne et d'accords internationaux, notamment dans les domaines de l'eau, de la conservation des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvages, des oiseaux sauvages, ainsi que de la conservation des ressources biologiques de la mer, notamment dans le cadre de la politique commune de la pêche.

Le ministre chargé de l'environnement et les préfets coordonnateurs s'assurent pour, respectivement, les régions et les sous-régions marines :

― que les programmes de surveillance au sein d'une sous-région ou d'une région marine sont cohérents ;

― que les méthodes de surveillance sont homogènes, afin de faciliter la comparaison entre les résultats de la surveillance d'une sous-région ou d'une région marine à l'autre ;

― que les impacts transfrontières significatifs et des spécificités transfrontières sont pris en compte.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, de la mer, des pêches maritimes et de la santé précise les méthodes et critères d'élaboration et de mise en œuvre du programme de surveillance.