Le président du conseil d'administration est le préfet désigné comme coordonnateur des actions de l'Etat pour le Marais poitevin en application des articles 66 et 69 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et départements.

Le conseil élit un premier vice-président choisi par et parmi les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements et un second vice-président choisi par et parmi les représentants des usagers et des organismes intéressés. La durée du mandat des vice-présidents est de trois ans.

En cas d'absence ou d'empêchement, le président est remplacé par le premier vice-président ou, si ce dernier est empêché, par le second vice-président.